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晶体结构绘制软件diamond是专为科学家们研究所使用,通过它我们可以绘制很多的晶体结构示意图,然后进行很好的分析研究,而且还可以进行批注等,通过它你可以很好的将晶体展开来,有需要的话可以前来本站下载。
能够非常实用地分析化学晶体模型,它可以建立非常精确的分子晶体结构模型,方便人们对分子或晶体结构的研究。该软件功能强大,具有很多种模型的建立功能,并且能够对建立的模型进行缩小、放大、旋转等操作,十分实用。
1、我们以氧化锂的晶体结构为例来说明基本的绘图操作。
2、下载好的li2o的cif文件,运行diamond软件,打开li2o的cif文件;打开软件导入cif文件

3、此时软件会自动运行“文件导入助手”程序,帮助我们正确的导入文件。第一页是欢迎页;第二页用来检查软件自动识别的文件类型是否正确,如果有错误可以在下拉菜单里面选择正确的文件格式;第三页用来选择是否自动让软件来绘制晶体结构图;第四页是最后一页,可以勾选“不再显示该助手”,这样软件下次将会自动完成文件导入的操作,然后点击完成。

4、随后软件会自动运行“结构图像绘制助手”,如图所示;如果之前已经有其他结构图存在,可以勾选“destroyallatoms,bonds,ets.”复选框;

5、接下来是设置原子的显示方式,在这里我们选择填充原子到单位晶胞,然后点击下一步;

6、在这个页面,可以设置其他一些与原子相关的结构。如创建晶胞边界,连接原子等。我们所绘制的氧化锂的晶体结构是要在o原子周围绘制li多面体,因此在这里我们选择“createpolyhedralaround”,然后在中心元素那里输入“o”,随后点击下一步;

7、本页面提供了图像设计的一些基本功能。如改变模型(球棍模型,线型,比例填充模型等),屏幕布局,背景颜色,显示质量,避免重复的原子主色等;

8、接下来,我们可以选择观察结构模型的方式。我们可以选择最佳投影,无变化,以及沿某一晶向观察。对于投影方式,我们还可以选择平行投影和中心投影。最后记得勾选上“adjustenlargementfactorandpositiontofitpictureindrawingarea”以使图像大小自动调整适应绘图区。然后点击完成。

9、软件自动绘制的图片可能如下图所示,没有立体感,也不是特别美观,这就需要我们对它进行调整。图片调整的主要内容都在如图所示的“picture”菜单下面
这个是自动绘制出来的图片

10、picture菜单下面的内容

11、对绘制出来的图片进行调整;
调整representation:勾选rendering(渲染)和lighting(灯光);
调整representation

调整atomdesigns:将o原子调为红色,li原子调为蓝色,同时还可以调整原子的大小;
调整atomdesigns

调整polyhedrondesign:将fillcolor改为粉色,设置透明度为0.4,然后调整多边形边框的颜色和宽度;
调整polyhedrondesign

调整celledgesdesign:更改晶胞边框的颜色,宽度和线的类型;
调整celledgesdesign

调整坐标系统:在坐标处右击,打开coordinatesystem设置对话框,然后对其进行调整,从而得到如下图所示的效果;
调整坐标系统

调整图例:在图例处右击,打开legend设置对话框,然后调整原子的大小,标注字体的颜色和尺寸,将边框大小调整为0,即可得到如图所示的效果。
调整图例

最终效果如图所示

12、将结构图导出。首先,如图25所示,调整图片的版式,将其设置为位图(bitmap),分辨率至少设为300,然后调整图像的宽和高。分辨率越大,宽和高越大,导出的图形也越清晰。随后,按照图26所示的步骤将图像进行导出。同时,还要将文件另存为diamond专用的“.diamdoc”文件,以便后面继续进行编辑调整。
调整图像版式

13、输出图片

几何增强:平面、线等
平面可由hkl定义,或通过一组3个或更多的原子定义为最佳平面(或通过2个或者更多的原子定义为线)。可检查平面度(线性度)。另外,还能交互计算或者测量原子距离平面和线的距离以及平面之间/线之间的角度。
创建pov-ray场景
pov-ray助手帮助用户创建相当逼真的光线追踪器图像,显示纹理、背景、光线追踪、多光源。
模型单独分配
在版本v2中,模型(球棍模型、空间结构模型)为全局设置。v3版本中,可以将模型单个分配给选定的原子。这就意味着用户可以在一个相同的图片显示球棍模型、空间结构模型、椭圆体模型、棍状模型或者线框模型。
属性面板和更多辅助视图
新属性面板根据现实状况显示信息。例如:选定原子的属性,选定原子周围距离,通过选定原子的最佳平面或者直线、质心。距离和角度表格提供直方图和统计数据,数据支持对结构参数数据简短概述。
粉末图拟合
粉末衍射数据既能在表格也能在图表中计算和显示。结构参数变化表格和图表自动更新。
改进的用户界面:
查看新的或改进的用户界面元素,可以更好地集成和关联不同的视图(结构图,表格,粉末图案等)。阅读增强的可能性来预览,调整和排列结构图片缩略图,关于结构参数集的颜色编码,新的对接窗口“最近的图片”,“撤销缓冲区”和“视频序列缓冲区”,新的“原子列表”数据窗格,创建的分子表以及以全屏视图查看结构图的可能性。
搜索结构数据:
阅读有关访问晶体结构数据库cod(“晶体学开放数据库”)的信息,其中包括amcsd(“美国矿物学家晶体结构数据库”)以及iucr期刊的cif文件。
新的多面体功能:
原子场的“原子环境”各自作为新的选择标准来定义配位多面体的原子(或配位球)。构造多面体的几何功能有几个功能,如原子或键的构造,多面体在同一原子间的点击,复制和粘贴等多面体的组合或分裂。看看voronoi多面体是如何构建的。
分子和聚合物的扩展功能:
概述几种选项来创建一个填充图(单元格范围,球形,平板或分子片),关于非键合接点的支持和改进的氢键处理。对于大分子或有机和无机聚合物(分子簇的扩展,聚合物框架的生长或切割,无机框架的抽吸),还有几个新的功能被应用。
提高生产力:
阅读钻石4中的新工作模式,在探索晶体或分子结构期间进行更直观的旋转,移动或缩放的“抓取模式”,在原子周围的原子和分子的“邻近预览”(键,分子)鼠标光标,有几个选项可以使用鼠标滚轮来改变属性(放大因子,放大/缩小,改变原子半径)或改变周围环境(炸掉多面体,扩展分子簇等)(“鼠标滚动”)。
自动和批量创建结构图片:
看到新的“自动图片造物主”对接窗格,自动将建筑选项,图片设计和查看方向的变化应用到结构图上,新的“设计方案”作为一种样式表,让您轻松地转换结构图片介绍或出版。
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